Als Helmholtz-Einrichtung wird das HIU zu 90 Prozent vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und zu zehn Prozent vom Land Baden-Württemberg finanziert. Das DLR finanziert eine Professur mit einer Arbeitsgruppe. Das jährliche Budget des HIU beläuft sich auf fünf Millionen Euro.